南侧领土的最高负责人皮克西斯司令，指示驻扎兵团展开托洛斯特区夺回作战，企图让艾连巨人化后搬运大石封住被毁的城门，而在巨人们不断入侵进来的此刻，更显作战的重要性，艾连也决定成为大家的希望。
巨人化的艾连，竟对着米卡莎挥拳，让托洛斯特区夺回作战计画，似乎蒙上一层失败的色彩，尽管米卡莎快速闪过，但巨人化的艾连继续攻击，最后还挥拳打中自己，并因此无法动弹，就在此时，有三具巨人朝著艾连而来。
艾连在阿尔敏的刺激下终于觉醒，继续执行任务用大石封住洞口，但在这期间，仍有巨人陆续入侵托洛斯特区。为避免艾连遭受巨人攻击，精锐部队决定舍命保护艾连，尽管任务最后终于成央a但伤亡人数也不断攀升。
又过去很多天后，艾伦又一次在地牢里醒来，自己依旧被锁在这里。这时法庭中已经在为艾伦准备“特别军事会议”，由三大兵团统帅达利思·扎克雷总统裁决。之后艾伦被两位分队长：韩吉·佐伊、米凯·撒迦利亚斯押送至法庭。审判中，宪兵团和宗教高层因自私自利而对艾伦和三笠加以指责，在艾伦快要失去理智时，利威尔兵长对其施以拳脚令其冷静，并称：这是我一贯的主张，我认为最有效的管教就是疼痛。实则是为了保护艾伦不会在失去理智时被宪兵团杀害。埃尔文团长借此机会将艾伦吸纳进调查兵团。庭审结束后艾伦被送出法庭，在休息室里，利威尔变相的对艾伦道歉了一番，而后分队长韩吉为艾伦检查被利威尔打伤的嘴时，却发现本应断掉的牙奇迹般的重新长出来了。
艾伦在利威尔兵长的带领下进入了调查兵团，利威尔的特别作战小组为了控制随时可能暴走的艾伦入住了城堡。渐渐的，艾伦发现，小组的成员都显得有些奇怪。韩吉分队长来邀请艾伦参加将要进行的巨人活体实验，并在艾伦的请求下为他讲述了曾经实验的细节。巨人们不用食物和水，日光供给他们活动的能量……第二日却有士兵报告，两个巨人被人在夜间杀害了。韩吉分队长难过的快要疯了。
相关人员仍在调查是谁杀害了两名实验巨人，可是没有新的进展。三笠和阿明等104期学员此时开始了自己兵种的选择，在埃尔文团长的一番稍带恐吓分析现状的讲话后，阿尼选择了宪兵团，而康尼，萨莎和让经过了一番艰难的心理斗争后，和三笠、爱尔敏他们一样选择了调查兵团。 于是在104期前十名中，三笠·阿克曼，莱纳·布朗，贝特霍尔德·胡佛，艾伦·耶格尔，让·基尔希斯坦，康尼·斯普林格，萨莎·布劳斯，赫里斯塔·兰斯成为调查兵团新成员；阿尼·利昂纳德加入宪兵团，马可·博特阵亡。同时加入调查兵团的主要人物还有阿明·阿诺德和尤弥尔。 在调查兵团见到久违的艾伦，大家都激动不已，尤其是三笠，十分关心艾伦是否被虐待或强迫去做什么事。特别行动班和新兵都被列入了第57次壁外调查的名单。
一个月后，壁外调查正式开始，此次作战意在通过发射不同颜色的信号弹通知士兵们巨人的位置以此调整行进方向避开巨人，到达目的地（艾伦家地下室）。一切看似有条不紊的进行着，这时艾尔敏一侧出现了一名女巨人，两位前辈试图杀死她却发现女巨人速度惊人，而在他们将她要
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