大霸星祭将近，学园都市逐渐变得忙力，常盤台中学的全校体育课结束之後，黑子和美琴一起前往内衣店，却因为初春通知有强盗事件发生，逼不得已赶回风纪委员分布。依照监视器影像，一群人在争夺一个行李箱，而且箱子有第23学区的标志，确认是能隔离宇宙射线的特殊箱子。黑子前去接触这些看似学园都市外部的人们，并且轻易制服他们夺回箱子，却忽然遭受到神秘少女的袭击，使得箱子再度被抢走。拥有“瞬间移动”系能力“坐标移动”的这名少女，不知为何知道黑子的姓名与所属单位，甚至还说出美琴的名字。
黑子目睹美琴与“坐标移动”的结标交战，并且听到美琴所说的话。为了守护美琴的世界，黑子决定寻找逃亡的结标与其交战。“空间移动”能力者之间的战斗是在瞬间定局，黑子错失先机而受制，结标则是藉机述说自己的计画。她要和外部组织“科学结社”联手，将“树状图设计者”复原，而且也邀请同为高等能力者的黑子加入。然而黑子绝对无法容忍那个践踏美琴内心的计划重新启动，因此断然拒绝并尝试进行最后抵抗。另一方面，掌握结标等人动向的“妹妹们”，也为了阻止计划展开行动，两名少年就这样回应她们的请求挺身而出。
学园都市所有学校共襄盛举的大规模运动会“大霸星祭”。这是学园都市少数对外开放的活动，还没开幕就已经盛况非凡，一如往常被美琴缠上的上条，答应了“输了就愿意听对方的任何命令”这个条件，以大霸星祭的各校总成绩一决胜负。然而上条前去参加第一项竞赛“推杆”的时候，却看到同学们毫无干劲的模样，使得他和美琴的赌注早早就出现危机，然而在这个时候，小萌老师却在体育馆后面，被对方学校的老师瞧不起了。看到老师脆弱的身影，上条等人团结一致，夹带着杀气冲向对方的阵地。另一方面，在快乐热闹的气氛背后，罗马正教雇用的“送货人”悄悄潜入了学园都市。
能够将圣人一击毙命的灵装“刺突杭剑”被带进学园都市。上条从土御门他们那里得知这个消息之后，协助他们在大霸星祭寻找灵装。上条巧遇本次的当事人，也就是“送货人”欧莉安娜·汤森，与土御门和史提尔会合之后继续跟踪，却中了她设下的陷阱。虽然上条以右手解除危机，却使得欧莉安娜趁机逃离。土御门在史提尔的协助之下，使用魔法寻找欧莉安娜的所在处，但连这个魔法都被欧莉安娜看穿，史提尔因而中了陷阱受伤。土御门为了解除欧莉安娜的陷阱而使用另一项魔法，然而在找到陷阱位置之前，史提尔必须备受折磨，是一种极为残酷的方法。
即使好不容易解除陷阱，欧莉安娜的魔法却害得吹寄昏倒。欧莉安娜把无辜平民卷入的这种做法，令上条大为光火。在史提尔的协助之下，上条和土御门追上欧莉安娜，却在最后关头被她搭乘无人公车逃走。即使史提尔灵机一动炸掉公车，欧莉安娜依然轻易走出火场，使用能瞬间写出魔道书原典的“速记原典”应战。在战斗中，曾经受伤的土御门陷入瘫痪状态，千变万化的魔法也令上条吃尽苦头。后来上条以右手使出舍身一击逆转战局，欧莉安娜逼不得已放下“刺突杭剑”逃亡。原本以为只要上条以右手破坏“刺突杭剑”，这个事件就算是结束了，但是事实却不是这样。
“刺突杭剑”的真相是“使徒十字”，上条等人因而得知了丽多薇雅的真正目的。要是茵蒂克丝采取行动，外界的魔法师将会入侵，为了不让她发现这个事件，上条和父母、茵蒂克丝、美琴以及美琴的母亲美铃共进午餐还因为美琴和黑子误会，遭受到不讲理的攻击。另一方面，史提尔收到英国清教的回报之后，即使事态紧急，却还是被小萌老师指责不准抽烟，教训了好一阵子。如此宁静的休息时光，在土御门回报状
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