科学家叔叔及时赶到，用火枪将冰快速融化，救了问天等人，打败了坏人。问天问科学家叔叔借了火枪救了整个村庄。女王等人得知问天已经到达第三区域：辽阔高地后，火速赶往。
问天等人到达雷达指示的地方，本以为第三圣兽就在此地，没想到却看到一群绵羊。最终，问天等人打跑了无敌盟主，得到绵羊头领的认可，把圣兽力量交给了问天。问天等人离开后路上遭遇暴龙袭击，情况危急。
燕侠询问问天等人的行踪，被告知他们已经前往第四区域。而此时，问天却与暴龙展开大战，天晶兽意外不敌暴龙，眼看就要牺牲。
南宫问天和天晶兽都不在，神兵小将们遇到了洪水将军，西门孝自告奋勇出战，幸而武勇及时赶到，暂时击退了洪水将军。
南宫问天来到天空城堡，婆婆救回了天晶兽，南宫问天带着新生天晶兽及时赶到其他神兵小将的身边，并打败了洪水将军和徽章王。
西门孝遇到了东方铁心，他们在海边遇到了指挥将军，南宫问天用计谋打败了指挥将军。
神兵小将们进入海边灯塔，没想到中了海盗将军的机关，大家都被捉了。武勇及时赶到，南宫问天趁机放出了大家，没想到海盗将军逃了出去。
海盗被神兵小将追得无处可逃，以美人鱼威胁尖嘴鲸鱼对抗神兵小将。最终，神兵小将将美人鱼救出，美人鱼将圣兽之力给了他们，神兵小将们向第五区域进发。
问天与敌人展开对战，而此时龙舟却被一块巨大磁石吸住，正往下坠落。天魔派出大批魔兽消耗体能，让神兵小将无法在四小时内收拾天魔。
宗主在与徽章王打斗中不小心中招，变成了小徽章。另一边，问天等人在不多的时间内赶去收拾天魔，却遇到了卷土重来的天地盟主。
神兵小将们最终找到了天魔所在地，与其展开大战，最终耗费众人之力，将其封印，天下再次恢复太平。
神兵小将们如约到南宫城里会合，没想到南宫问天近期好吃懒做，早就没了之前的英气，南宫城主等人商量将神兵小将们安排到神兽学校中参加学习。
南宫问天被盖世太保抓走，幸得虎魄搭救，在神兽学校校长的鼓励下，问天决定重新振作，保护神兽学校。
南宫问天坚持锻炼，状态也恢复得差不多，布偶王子又派人来袭击神兽学校，猫头鹰主任被抓走了。
南宫问天中了渔夫将军的计，在没有神兵的帮助下，问天根本打不过渔夫将军，幸得虎魄帮忙才击败了渔夫将军。
渔夫与问天大战，在猛虎帮助下，问天取得胜利。敌人决定从内部入手，派出蛀牙将军，希望以此瓦解问天的战斗力。
木偶王子很生气，将神兽变成木偶，攻打神兽学校的计划再次失败。盖世太保挑选了磁力将军作为自己的助手。这次，神兵小将在小矮子神兽（仓鼠小奇）的帮助下，成功打败了磁力将军。
神兽学院的新校长刚来就碰见了号称速度第一的神兵兽星宿，两人开始比拼速度。王子给了盖世太保第五次机会，希望能够打败神兵小将们。
星宿和新校长因为比拼速度，惺惺相惜，成为朋友，星宿答应前往神兽学校，帮助打败木偶王子。而此时，神兽学校的黑白水牛两兄弟却因为一点小事吵了起来。
布偶王子的手下开始在神兽学校附近抓人，隐身将军更是凭借自己隐身的本领进入神兽学校，最终被南宫问天击败。
蓝巨人将军和红巨人将军奉命到神兽学校攻击神兵小将们，没想到在路上遇到泥石流，红巨人将军受伤失忆，幸得神兵小将们救了他，红巨人将军决定从此向善。
铁面判官为了击败神兽学校，开启了恶人监狱，神兵小将们和各自的神兽合力粉碎了铁面判官的阴谋。
布偶王子吩咐盖世太保找来冰总管，冰总管伪装成小偷进入神兽学校偷走了天晶兽的布偶，在南宫问天和东方铁心去找天晶兽的同时，盖世太保趁机抓走了南宫问雅。
神兵小将们抓的抓、伤的伤，南宫问天将此归咎于自己，宽容将天晶兽恢复，大家一起前往营救南宫问雅。
玉燕女王听说南宫问雅被抓了，准备去神兽之乡搭救。南宫问天等人循着踪迹寻找南宫问雅，冰总管突然出现，战斗随即展开。
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